Une fois certifié psychiatre, il a complété avec le soutien du Fonds de recherche en santé Québec (FRQS) une formation complémentaire de clinicien-chercheur en épidémiologie et en psychiatrie transculturelle à l'Université McGill, ciblant les premiers épisodes psychotiques et les enjeux de la psychiatrie transculturelle et menant à l’obtention de sa Maîtrise en sciences en 2010. Par la suite, le Dr Bourque a par ailleurs enrichi sa carrière en complétant des études doctorales en épidémiologie et psychiatrie sociale à l'Institute of Psychiatry de l'Université King's College London au Royaume-Uni à titre de boursier de la Fondation Trudeau et du FRQS. Il obtient un PhD en 2018 pour ses travaux explorant les dynamiques entre société, ethnicité et psychose en intégrant l’épidémiologie aux méthodes qualitatives. 

Comme clinicien, Dr Bourque a œuvré pendant plus de 10 auprès des communautés cries et inuit dans le nord du Québec, y intégrant à la fois ses compétences transculturelles à ses intérêts académiques en vue d’améliorer la santé au sein des communautés nordiques. Ancien président du Comité du bien-être des résidents de la Fédération des médecins résidents du Québec, le Dr Bourque a aussi été un fervent défenseur d’une culture médicale axée sur le bien-être, lui valant des distinctions par ses pairs pour son engagement envers le bien-être des médecins. Il a d’ailleurs exercé comme consultant spécialiste au Programme d'aide aux médecins du Québec (PAMQ).

Son propre parcours de santé des dernières années l’ont amené à découvrir des approches innovantes en soutien à la santé globale, notamment les impacts de la nutrition et des enjeux métaboliques sur la santé cérébrale. Il s’est donc intéressé au champ émergent de la psychiatrie nutritionnelle et au rôle de l’alimentation dans l’arsenal psychothérapeutique, enrichissant ses recherches dans sa quête du bien-être tant physique que mental.